I fondi archivistici conservati presso la Biblioteca Archeologica e Numismatica sono pervenuti per acquisto, dono o deposito, oppure si sono formati come testimonianza documentale dell’attività svolta, nel corso del tempo, dagli Istituti stessi, o da Enti a loro storicamente collegati.  Si tratta di fondi pregevoli e spesso preziosi per lo studio della storia e della cultura del territorio lombardo, oltre che per la ricostruzione delle vicende che hanno condotto alla formazione delle collezioni museali milanesi.

La maggior parte dei fondi è già stata riordinata e inventariata con programma informatico specifico per gli archivi storici elaborato dalla Regione Lombardia e alcuni di essi sono stati anche digitalizzati, in aderenza a quanto previsto dalle linee guida ministeriali.
Alcuni cataloghi elettronici degli archivi conservati sono già consultabili nel portale della Regione Lombardia http://www.lombardiabeniculturali.it/archivi/soggetti-conservatori/MIAA0...

• Archivio Luigi Vassalli (1855-1899)
• Fondo Consulta Museo Patrio di Archeologia (1862-1903)
• Fondo Corrispondenza Cattaneo-Sanclemente (1810-1814)
• Fondo Achille Vogliano (1933-1952)
• Fondo Carlo Taverna (1815-1878)
• Fondo Pompeo Castelfranco (1870-1913)
• Fondo Corrispondenza extra-ufficio del Gabinetto Numismatico di Brera (1805-1851)
• Fondo Zanetti-Bellati (secoli XVIII-XIX)